Wendy Hunter estuda Política Comparada, com ênfase em assuntos latino-americanos. Ela realizou trabalhos aprofundados sobre as forças armadas no Brasil e no Cone Sul, bem como pesquisas sobre questões de política social na América Latina, com atenção especial às políticas de reforma da educação e da saúde. Ela também publicou um livro sobre o Partido dos Trabalhadores do Brasil. A professora Hunter atualmente trabalha com questões relacionadas à documentação de identidade no mundo em desenvolvimento. Ela é autora de "Undocumented Nationals: Between Statelessness and Citizenship" (Cambridge University Press Elements, 2019), "The Transformation of the Workers' Party in Brazil, 1989–2009" (Cambridge University Press, 2010) e "Eroding Military Influence in Brazil: Politicians against Soldiers" (University of North Carolina Press, 1997), e publicou artigos em periódicos como Comparative Politics, Comparative Political Studies, Political Science Quarterly e International Studies Quarterly, a American Political Science Review, o American Journal of Political Science e a World Politics.